La Pipistrelle de Nathusius est une chauve-souris de petite taille (32-37 mm ; Poids : 6-15 g), légèrement supérieure à celle de la Pipistrelle commune sans caractère très marquant, en main, si ce n’est un cinquième doigt nettement plus long (> 43 mm) que chez les autres pipistrelles (< 41 mm) et une première incisive bifide (qui ne peut être contrôlée qu’à la loupe). C'est une espèce, en général contactée à l’unité, qui semble préférer les habitats plutôt boisés et frais. La Pipistrelle de Nathusius dans son aire de répartition européenne est une chauve-souris de plaine qui ne monte guère en altitude hormis à l’occasion de ses déplacements puisque l’espèce est connue pour être migratrice.